Rumah pengasingan Dr Cipto ini berderetan dengan rumah pejabat dan kantor pemerintah Belanda saat itu. Letaknya tak jauh dari Istana Mini Banda Neira yang merupakan kantor utama pemerintah Belanda saat itu.
Rumah Pengasingan Cipto terletak di Jalan Pendidikan, Kelurahan Dwiwarna, Kecamatan Banda, Kota Maluku Tengah, Provinsi Maluku. Bangunan satu lantai tersebut dibangun diatas lahan seluas 1.553 m2 dengan luas bangunannya 420 m2.
Saat bermukim di Bandung, Cipto aktif menggelar diskusi serta melakukan gerakan bawah tanah dengan tokoh perjuangan lainnya. Di kediaman ini Bung Karno, sering hadir dan terlibat diskusi seputar menuju Indonesia merdeka.
Seperti halnya Bung Karno dan pahlawan kemerdekaan lainnya, ia pun mengalami nasib diasingkan. Jika Bung Karno dibuang ke Ende, maka Cipto dibuang ke Banda Neira pada tahun 1927.
Di Banda Neira, Cipto mendekam dan terbuang sebagai tahanan selama tiga belas tahun. Dari Banda Naira ia kemudian dipindahkan ke Ujungpandang.
Tak lama kemudian ia dipindahkan lagi ke Sukabumi, Jawa Barat. Namun karena penyakit asmanya semakin parah, ia kembali dipindahkan ke Jakarta. Dia wafat di Jakarta pada 8 Maret 1943 dan dimakamkan di Watu Ceper, Ambarawa.
Rumah Utama di Banda Neira
Atap rumah utama bertipe perisai tumpuk yang dibuat dari seng dengan kuda-kuda kayu. Bangunan ini memiliki plafond berupa papan kayu yang ditahan oleh balok kayu, dinding bangunan dibuat dari bata yang diplester dan dicat warna putih.
Lantai bangunan berupa terakota berwarna merah tua dengan ukuran 30×30 cm yang terdapat di serambi dan badan rumah. Rumah utama memiliki pagar tembok yang terletak di serambi depan dan belakang. Selain pagar, serambi depan dan belakang juga memiliki tangga.
Paviliun Kanan (Paviliun Timur)
Atap paviliun dibuat dari seng dengan tipe atap perisai tumpuk dan kuda-kuda kayu. Bangunan ini tidak mempunyai plafond dan bagian belakangnya sudah hancur. Dinding bangunan berupa tembok bata berplester dicat putih.
Paviliun Kiri (Paviliun Barat)
Atap bangunan dibuat dari seng bertipe atap pelana, plafond berupa papan kayu yang ditahan balok kayu. Dinding bangunan separuh bata separuh kayu, sedangkan kolom di serambi depan berupa kolom kayu persegi yang dicat hijau.
Rumah pengasingan ini telah mengalami kerusakan sekitar 40 persen hampir di semua bagiannya. Jika tidak segera ditindaklanjuti, dikhawatirkan kerusakan akan semakin parah dan membahayakan bangunan itu sendiri.
